一、严防细菌对培育豆芽盛器、用具的污染
每次豆芽出缸以后，都要用清水将盛器、用具洗刷干净，日晒杀菌后再用。如有烂芽现象，要用石灰水，将容器、工具消毒。
二、要选用新收获的、无霉变的豆子
在发芽前，还要清除劣粒、病粒、杂粒、瘪粒等，并洗净放人65℃水中浸1分钟（水高出豆子15厘米）立即捞出用清水冲洗散热至常温，滤干水后即可浸泡。
三、浸泡、淋浇的水质要好
用自来水、井水浸泡、淋洗豆子，不可用陈水、污水、盐碱含量过高的水。
四、要注意调节温度
以保持在20～28℃为宜，不可过高过低，或忽高忽低。要注意经常检查，温度低时，要关紧发芽室的门窗，淋温水和盖严缸上薄膜；温度高时，要将覆盖薄膜掀开，浇淋温度稍低的水，注意勤淋浇，并浇匀透。
五、湿度要适宜
缸内的空气相对湿度以90％左右为宜。调节方法，主要靠淋水解决。一般气温较高季节，每3～4小时淋水一次，气温较低的季节，每5～6小时淋水一次。此外，在豆芽生产过程中，尽量减少和避免豆粒、良芽受伤。
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