到目前为止，全国已获得国家批准登记的微生物肥料只有400多种，实际上生产的厂家已超过2000多家，市场上销售的微生物肥料良莠不齐，为了维护广大农民的切身利益，在选购、应用时应注意以下几个问题：

　　堆肥的有机原料中加入高纤维质有机物，如稻秆、麦秆、蔗渣、稻谷等，再配合化肥及土壤微生物同时耕入土中，可得良好土壤改良之效果。高纤维提供微生物的栖息环境 微生物并由堆肥及化肥取得了所需营养而大量繁殖，建立良好土壤“生物相”。 微生物在土壤中可分泌大量多醣类黏液、促使土壤团粒化，并在土壤中不断缓慢发酵以疏松土质。

　　1. 要想提高生物肥料的使用效果，必须注意以下6点：一是了解生物肥料的生产日期、使用量、用法等有关资料，在有效期期内施用。贮存时要避光、通风、干燥。二是要了解微生物的作用，适用作物用及施用技术，如根瘤菌用于豆科作物共生固氮，豆科作物不同品种又有不同的根瘤菌肥。三是提倡“早、近、匀”的施用技术，即施用时间要“早”，一般作基肥、种肥与苗肥施用；施入地点离作物根系要“近”；种子与苗肥要拌“匀”。四是提倡与有机肥混施，可以提高施用效果。五是避免阳光长时间直射，施后及时覆土。六是不宜与化肥、杀菌剂农药混用，以免影响肥效。

　　生物有机复合肥料，采用有机肥料与无机肥料相配合，并伴有多种微生物或高能化合物的的面市，很受农民欢迎，效应比较明显，一是能改良土壤理化性状，增强保水、保肥性能，提高持续供肥能力；二是能显著抑制棉花、瓜类的枯萎病和水稻纹枯病等病害，增强抗逆能力；三是能改进农作物的品质，特别是对提高西瓜、甘蔗、草莓等水果的甜度十分明显；四是能促进农作物增产，一般施用生物有机复合肥的比单一施用化肥的增产10％左右；五是能减轻农业环境的污染，可大量生产无公害的食品。

　　近年来，随着菜农对生物菌肥认识的提高，生物菌肥在蔬菜生产中的应用越来越广泛，对蔬菜的增产增收发挥着重要的作用。其施用方法也越来越灵活，由最初的基施逐渐改为基施、穴施、冲施相结合。不过，生物肥有一种施用方法一直没引起菜农重视，这种施用方法就是蘸根。据了解，用生物肥蘸根不仅有促进蔬菜根系生长的作用，而且对抑制蔬菜根部病害的发生也有显著的效果。昌乐县宝城街道菜农李宝华近年来每年在拱棚辣椒定植前都用生物肥蘸根，他的体会是“用生物菌肥蘸根后辣椒行根快，且很少发生死棵，可谓是一个投资小但能发挥大作用的防病好办法。”

　　微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。
　　微生物肥料的施用方法比化肥、有机肥要严格，因此要注意：一是避免开袋后长期不用。肥料买回家后尽快施到地里，开袋后尽量一次用完。包装袋打开后其它细菌就可能浸入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。高温和干旱会影响微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料发挥其良好的作用。三是避免与未腐熟的农家肥或过酸碱的肥料混合使用。这两种肥料会因为温度或酸碱度而影响微生物肥料的正常发挥。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度的抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。

　　菌肥是经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。施用菌肥应注意以下几个方面：
　　因地制宜　对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。

　　农田耕作因长期过度施用化肥造成土地日益板结、酸化，并造成水体、环境污染。随着人们环保意识的不断提高，绿色食品和生态农业的发展，开始考虑减少化肥用量，增加生物肥料。生物肥料是一种高效无毒、无污染和无公害的新型菌肥。可满足人们保持生态平衡，合理开发、改造自然的要求。生物肥料具备长期使用可以建立起土壤的良性循环功能体系，化肥施用量也可逐渐减少，从而获得更好的经济效益和生态效益。

　　作物秸秆沤肥法：用晒干的麦秸、稻草、玉米秆等，采用“三合一”的沤制方法。即取秸秆60％，沤制前一天用水浸湿，含水量以用手紧握能见到水滴为宜；细干土30％；人畜粪10％。先在地面上铺一层厚约15厘米～20厘米的污泥或草皮作为吸收下渗肥分的底垫，再铺一层35厘米厚的秸秆，踏实，泼洒少量石灰水和氨水或粪水，接着再上一层6厘米～10厘米厚的土杂肥、污泥或细土和人畜粪，依次一层一层地堆积，直至高达1．5米～1．6米为止。每堆以2500公斤～3000公斤为宜。堆外用泥封好，经20天～25天左右进行翻堆一次，把外层的翻到中间，中间的翻到外面，重新堆积，再过15天～20天，原料达到黑、烂、臭的程度，即可使用。

　　氨基酸是构建生物机体的众多生物活性大分子之一，是构建细胞、修复组织的基础材料；对植物的营养贡献不只是提供氮源，还对植物的生理代谢有着不可低估的影响。如：具有减轻植物重金属离子的毒害作用。氨基酸对植物有这么多好处，但如何才能让植物快速吸收呢？

　　果园施用生物菌肥，一方面能提高肥料的利用率，减少投资成本；另一方面能改善土壤团粒结构，增强土壤微生物有益菌数和活性，提高土壤蓄水保墒能力，给果树根系生长创造良好的环境，使果树健壮生长，抗逆性增强。
　　在果园施肥中，有些果农不会合理施用生物菌肥，觉得效果不明显，失去用肥的信心。现提出在施用中应注意的两方面问题：一是在施用生物菌肥的沟或穴，严禁用未腐熟的人、畜粪等水肥物直接浇灌；尽量不要把生物菌肥与速效氮肥如尿素、碳酸氢铵混配施用，以免杀伤生物菌，降低肥效。二是在墒情尚好，且温度较适宜时使用。温度低于5℃时，生物菌肥与有机肥和大量元素肥复合肥配施，能发挥最大的效能。

　　近几年随着人们生活水平的提高，消费者对绿色食品的认识也有了较大的提高，绿色消费正在逐渐成为一种文化和时尚。在这种潮流的推动下，食品生产企业纷纷开始生产绿色食品，然而绿色食品的生产是一个从源到汇的全过程，它要求食品原料是绿色的，而原料的绿色有赖于农作物成长环境的绿色化：绿色的土壤、绿色的肥料、绿色的灌溉、绿色的大气环境等。肥料的绿色是整个食品绿色供应链实施中重要的一环，由于目前许多肥料的非环保性、对土壤和地下水的污染性，使得无污染农作物的生产中不得不放弃肥料的使用，以保持农作物的绿色性，但由此带来的问题是农作物产量下降、成本大幅度上升、价格居高不下，绿色食品成了贵族食品。生物菌肥则正好填补了这一空白，它在提高农作物产量的同时，不但自身完全环保、在使用过程中无任何污染，而且可以减少硝酸盐对生态的污染，降低土地已有的污染，是理想的绿色肥料。

　　自制土化肥原料广泛，方法简单，经济实用，其肥效不亚于化肥，现介绍几种高效土化肥的自制方法，供参考选用。

　　“菌肥”是从自然界中采集到的活性菌种，经人工提纯、复壮等技术加工而成的一种无公害新型复合生物肥。好的菌肥，如金宝贝菌肥，不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等。在施用过程中应注意以下几点：

　　酵素菌技术应用于种植业，主要是制成各种酵素菌肥料。按其用途可以分为：酵素菌堆肥和作物重茬专用肥（土曲子)；酵素菌粒状肥和液体肥；酵素菌叶面喷肥三大类。